組織

青年会議所活動の最小かつ基本単位は、都道府県の都市ごとに組織しているLOM（Local Organization Member:ロム）と呼ばれる青年会議所である。

LOMの連携・連絡調整機関として、日本青年会議所（NOM（National Organization Member:ノム））があり、日本青年会議所のLOMに一番近い部門（組織）として　都道府県ごとにブロック協議会が、ブロックの連携・連絡調整機関として、地方ごとに地区協議会が組織されている。 ブロック協議会、地区協議会、日本青年会議所の構成メンバーは各LOMから輩出し、それぞれの組織に所属する。このことを出向と呼んでいる。出向者は出向先だけでなく、LOMの委員会にも所属する。

多くの青年会議所は公益法人としての社団法人格を有していて、監督官庁の指導のもと運営を行っている。

日本青年会議所の長は会頭と呼ばれ、各地方の青年会議所の長は理事長と呼ばれる。

本来、青年会議所メンバーは上下の隔たり無く皆平等であり、そのために公式の場では敬称として「君」が義務付けられている（実際には年功序列による上下や先輩後輩関係がある）。しかしながら、一部のLOMの理事長や、日本JC会頭などトップ役員人事において有力OBが関与・干渉する例が少なからず見受けられる。一例として、政治評論家三宅久之によると、会頭の改選においては現外務大臣である麻生太郎が認めた人物から選ばれるという。

日本青年会議所

単年度制と卒業

組織の大きな特徴として「単年度制」と「卒業」がある。

すべての組織は年度（1月～12月）単位で会頭以下全ての役職を原則一新している。これを「単年度制」と呼んでいる。会員に多くの経験を積ませ、事業の停滞を防ぐ特徴がある。一方で年度が変わると担当者も変わるため事業の連続性が失われたり、途切れたりすることもしばしば起きるため、「不連続の連続」という表現をする者もいる。

また「卒業」とは40歳を迎えた会員がその年度末に満期退会扱いとなることを指し、卒業した会員は会の活動に直接関与することはできなくなる（卒業年度に理事長を務めた者が次年度に直前理事長として残る場合など、一部に例外はある）。卒業で会員は減少するので、LOMは常に新入会員を募る必要がある。

以上のことが組織の活性化を促しているとされ、JCの特徴のひとつとなっている。

卒業以降は出身LOMのシニア会に所属する他、日本JCのシニア会に入会する者もいる。またロータリークラブやライオンズクラブに入会して活動する者も多く見られる。

社団法人日本青年会議所

日本では、社団法人日本青年会議所（にっぽんせいねんかいぎしょ）が中心となり、20歳から40歳までのリーダーを志す青年で構成されている。企業経営者やその後継者が多いが、会員の職業に関する制限は特に無く、サラリーマンでも入会可能。初代会頭はとらや16代目の黒川光朝。

活動の基本として『修練』『奉仕』『友情』からなる「三信条」、『会員は率先して行動する』ことをうたう「JC宣言文」、『明るい豊かな社会を作り上げよう』とする「綱領」、国際青年会議所の綱領である「JCIクリード」を掲げる。

世界のJCの中でも日本はJC運動が活発な地域であり、OBを国会議員、地方議員、日本商工会議所、経済同友会、経団連など各界に多数輩出し、日本の政財界の一翼を担う人材を共育している。

2007年現在、日本全国の719の地域にLOM（ロム）と呼ばれる青年会議所が存在し、42,000名弱のJAYCEE（ジェイシー）と呼ばれる青年会議所会員が活動している。